结直肠癌组织表达谱芯片的生物信息学分析

摘要：目的:探究结直肠癌发生发展的分子机制,并寻找结直肠癌早期诊断及预后的生物标志物。方法:从GEO数据库中选取结直肠癌表达谱芯片,利用R语言中limma函数进行差异表达分析,获取差异表达基因,使用DAVID6.7将差异表达基因进行KEGG信号通路分析,使用GEPIA在线工具查看差异基因在TCGA-COAD样本中的表达并绘制Kaplan-Meier生存曲线(OS)。结果:在3个表达谱芯片的差异表达分析结果中,有148个相同基因,提示这些基因与结直肠癌的发生发展具有密切关系,KEGG信号通路分析显示,结直肠癌组织相比正常组织在氮代谢、醛固酮调节钠重吸收等信号通路有较为显著的改变,GEPIA在线工具分析显示SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1这4个基因在TCGA-COAD中均为高表达,且SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1分别高表达的结肠癌患者生存时间相较于低表达的结肠癌患者明显缩短。结论:氮代谢、醛固酮调节钠重吸收等信号通路的改变是结直肠癌发生发展的重要分子机制,SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1等基因可作为结直肠癌患者预后评估的标志物。