小鼠后肢特异表达基因的筛选及验证

摘要：目的对比小鼠前后肢基因表达谱的变化,筛选小鼠后肢特异表达的基因。方法通过NCBIGEO数据库查找小鼠前后肢基因表达芯片,使用Transcriptome Analysis Console软件对原始数据(5个前肢E10.5d芯片及4个后肢E10.5d芯片)进行质控,利用差异倍数为2倍以上或0.5倍以下及P值小于0.05进行数据过滤,绘制差异表达基因的火山图,并进行聚类分析,构建后肢特异表达基因的相互作用分子网络图。结果小鼠胚胎E10.5d后肢相较于前肢的差异表达的基因共有275个,其中上调的基因45个,下调的基因230个,构建了后肢特异表达的差异基因分子网络图,找到后肢特异表达核心基因,使用qPCR检测部分后肢特异表达的基因,结果与芯片结果一致。结论应用小鼠表达谱芯片成功筛选出后肢特异表达的基因,为哺乳动物肢体发育的研究提供基础。