摘要：本研究以线粒体DNA Cyt b基因为分子标记，对塔里木马鹿（Cervus elaphus yarkandensis）3个地理种群的遗传多样性进行了评价，并运用SPSS 19.0和Canoco 4.5软件对生存在不同生境中的塔里木马鹿和天山马鹿进行了比较，以进一步探讨了塔里木马鹿种群遗传多样性与环境因子之间的关系。遗传分析结果表明：塔里木马鹿且末种群具有相对较低的单倍型多样性（H=0.363±0.152）和核苷酸多样性（π=0.005±0.003），沙雅种群具有相对较高的单倍型多样性（H=0.911±0.059）和核苷酸多样性（π=0.016±0.002）；种群之间的基因流（Nm）和遗传分化程度（F ST）显示，塔里木马鹿各地理种群具有显著的遗传分化。马鹿种群遗传多样性与环境因子的相关性分析表明：塔里木马鹿和天山马鹿种群的遗传多样性与年均降水量（r=0.783）和海拔（r=0.997）呈显著的正相关，与纬度（r=0.414）呈正相关性，与年均无霜期、年均气温、年均日照、经度、人口、年均畜牧数量和年均耕地面积呈负相关性。蒙特卡洛里检验的结果表明：显著影响塔里木马鹿种群遗传多样性的环境因子分别为年均气温（r=0.852，F=7.450，P=0.038）、年均降水量（r=0.612，F=6.240，P=0.050）、人口（r=-0.816，F=7.370，P=0.046），因此这些因素是主要的环境因子。