摘要：蒙古野驴是生活在亚洲中部荒漠、半荒漠和荒漠草原重要的珍稀有蹄类动物。采用PCR和测序技术，我们成功测定新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区日常监测时获得的26匹蒙古野驴（Equus hemionus）样本的mtDNA D-loop区核酸序列，对蒙古野驴的遗传多样性及其系统发育地位进行了初步研究。研究结果发现该区域蒙古野驴核苷酸多样性较高（π=0.20392±0.05230），单倍型多样性与其他马科动物大致相同（Hd=0.982±0.020）。表明新疆卡拉麦里有蹄类自然保护区蒙古野驴的遗传多样性十分丰富。Tajima s D值为负，中性检验不显著（P>0.10），表明新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区的蒙古野驴在整体水平上并未出现过瓶颈效应或者快速扩张等历史事件。采用邻接法（NJ）和最大似然法（ML）构建单倍型之间的进化树，结合Network构建的单倍型间网络图显示2个重要分支。我们通过历史分布及地理位置推测卡拉麦里山有蹄类自然保护区的蒙古野驴可能存在外来种群的迁入。将本研究得到的蒙古野驴序列与GenBank检索获得的另外7种马科动物的mtDNA D-loop区基因进行比较，发现马科动物分化过程中平原斑马出现最早，山斑马首先分离出来，然后是蒙古野驴、藏野驴、努比亚野驴、细纹斑马，最后是普氏野马与非洲野马，其中与蒙古野驴最接近的物种是藏野驴。