摘要：用于生物序列联配的Smith Waterman算法在生物信息学中有着重要的意义，但是，算法需要的空间复杂度和时间复杂度都是O（mn），极大地限制了算法的应用。该文从并行计算模型HPM出发，从通信、存储两方面对Smith Waterman算法进行分析，提出了针对CoSMPs系统的分层的分块行流水并行算法，并通过计算不同规模的长序列进行验证，实验结果与理论分析一致。