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摘要:对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗。优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在局部分别建立哈希表。然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对。计算结果可以在节点直接输出,不需要主结点收集,减少了通信开销。
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